SNOMED CT jest bardzo szeroko stosowany w różnych dziedzinach medycyny – między innymi w opiece zdrowotnej, farmacji, a także w systemach informatycznych i bazach danych medycznych. Głównym celem stosowania SNOMED CT jest umożliwienie jednoznacznego i precyzyjnego opisywania chorób, procedur medycznych, leków i innych elementów z zakresu medycyny za pomocą uniwersalnego języka. Dzięki temu lekarze, farmaceuci i inni pracownicy służby zdrowia są w stanie wymieniać się informacjami o zdrowiu pacjentów za pomocą jednolitego systemu kodowania, co ułatwia diagnozowanie, leczenie i monitorowanie chorób, a jednocześnie sprawia, że ich “papierkowa” praca jest łatwiejsza. SNOMED CT jest również używany w celu ulepszenia jakości i efektywności opieki zdrowotnej poprzez umożliwienie lepszej analizy danych medycznych i ułatwienie wykrywania trendów i zależności w danych zdrowotnych.