Pierwszym krokiem przy wypełnianiu diagramu zębowego jest odpowiednie oznaczenie łuków zębów górnych i dolnych szczęki – na dole diagramu powinien znajdować się łuk dolny, a górny łuk umieszczamy na górze.

Następnie przyjmujemy dla naszego diagramu odpowiednie oznakowanie. Oznaczenia diagramu zębowego mogą być zarówno numeryczne, jak i literowe. Ważne jest jednak, żeby na całym diagramie stosować oznaczenia jednakowo. Dzięki temu będzie on czytelny i zrozumiały.

Przykładowe oznaczenia zębów to: 

• Liczby: górne siekacze: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 (począwszy od centralnego siekacza), a dolne siekacze: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8
• Litery: górne siekacze: A, B, C, D, E, F, G, H, a dolne siekacze: a, b, c, d, e, f, g, h.

Jeśli istnieją braki w uzębieniu, można użyć dodatkowego oznakowania (np. X lub O), aby ukazać, że ząb jest usunięty.

Oprócz numeracji zębów, należy wprowadzić także odpowiednie oznaczenia dla wskazania konkretnych zębów, np. “G” dla górnych siekaczy i “D” dla dolnych. 

Często w gabinetach używa się także oznaczania najbardziej zalecanego przez WHO i FDi, czyli systemu Viohla. Twórca podzielił jamę ustną na ćwiartki, a każdą z nich ponumerował. I tak dla zębów stałych mamy numery 1-4, a dla mlecznych 5-8. Oznaczenia te tłumaczymy jako: 

1 – ćwiartka prawa w szczęce

2 – ćwiartka lewa w szczęce

3 – ćwiartka lew w żuchwie 

4 – ćwiartka prawa w rzuchwie

I analogicznie dla zębów mlecznych:

5 – ćwiartka prawa w szczęce

6 – ćwiartka lewa w szczęce

7 – ćwiartka lew w żuchwie 

8 – ćwiartka prawa w rzuchwie

Stosując ten system, najpierw oznaczamy ćwiartkę, a następnie zęba i np. pierwszy ząb stały górny prawy to według numeracji 16. Ważne jest, że oznaczenie to czytamy “jeden sześć”, a nie “szesnaście”.