Wprowadzenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) to jedna z największych zmian w obszarze rozliczeń podatkowych ostatnich lat. Dlatego warto już teraz zrozumieć, jak system będzie funkcjonował w praktyce i co realnie zmieni w codziennej pracy firm — również placówek medycznych. 

Artykuł powstał na podstawie rozmowy z Justyną Zając-Wysocką, radcą prawnym i doradcą podatkowym, przewodniczącą Małopolskiego Oddziału KIDP, a także ekspertką Polskiej Izby Turystyki oraz członkinią Komisji Fiskalnej ECTAA i polskiego oddziału IFA. 

W rozmowie omawiamy, jak KSeF wpłynie na funkcjonowanie placówek medycznych, jakie obowiązki będą się z nim wiązać oraz jak wdrożyć system krok po kroku — bez chaosu i ryzyka sankcji. Tekst zawiera zarówno konkretne informacje, jak i cytaty z transkrypcji, które dobrze oddają praktyczny kontekst nadchodzących zmian.

Czym właściwie jest KSeF?

Krajowy System e-Faktur (KSeF) to centralna platforma Ministerstwa Finansów, nowoczesny system teleinformatyczny, który umożliwia m.in.: wystawianie, wysyłanie, odbieranie, przeglądanie i przechowywanie faktur ustrukturyzowanych i nadawanie oraz odbieranie uprawnień do korzystania z systemu.

Jak tłumaczy ekspertka: „Faktura w rozumieniu przepisów będzie uznana za wystawioną dopiero w momencie, gdy zostanie przyjęta przez KSeF.”

Oznacza to, że samo wygenerowanie dokumentu w systemie księgowym nie wystarczy – kluczowy moment to jego akceptacja przez system państwowy.

Terminy – kto i kiedy musi korzystać z KSeF?

Obowiązek wystawiania faktur w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF) będzie wprowadzany etapami i obejmie przedsiębiorców w dwóch terminach.

Od 1 lutego 2026 r. system stanie się obowiązkowy dla firm, których wartość sprzedaży brutto w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł. Z kolei od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek wystawiania faktur w KSeF obejmie pozostałych przedsiębiorców, z wyjątkiem nielicznych przypadków wskazanych poniżej.

Do końca 2026 roku podatnicy zachowają możliwość wystawiania faktur elektronicznych lub papierowych, jeżeli łączna wartość sprzedaży w danym miesiącu nie przekroczy 10 000 zł. Nadal dopuszczalne będzie również wystawianie faktur do kwoty 450 zł za pośrednictwem kas fiskalnych.

Ekspertka podkreśla, do KSeF nie będą przekazywane m.in. faktury pro forma, faktury i dowody wewnętrzne, noty uznaniowe i obciążeniowe oraz rachunki w rozumieniu Ordynacji podatkowej. Jednocześnie od 1 lutego 2026 roku noty korygujące nie będą już wystawiane — ani w ramach KSeF, ani poza systemem.

Co istotne: „Sankcje finansowe za nieprawidłowości będą nakładane dopiero od 1 stycznia 2027 roku.”

To daje firmom czas na spokojne przygotowanie procesów i systemów.

KSeF już istnieje – nawet jeśli z niego nie korzystasz

Wielu przedsiębiorców zakłada, że KSeF to coś, co trzeba będzie „założyć” w 2026 roku. 

Tymczasem jak wskazuje ekspertka: „Każdy podatnik już dziś ma konto w KSeF – niezależnie od tego, czy jest tego świadomy.”

Jeśli ktoś wystawi nam fakturę w KSeF, dokument pojawi się w systemie automatycznie. Aby jednak wystawiać faktury lub zarządzać dostępami, konieczne jest wcześniejsze uwierzytelnienie.

Logowanie i uprawnienia – kto ma dostęp do faktur?

Aby zalogować się do KSeF, a dokładniej — uwierzytelnić się w systemie, czyli potwierdzić swoją tożsamość, osoba prowadząca jednoosobową działalność gospodarczą będzie potrzebować jednego z następujących narzędzi: profilu zaufanego, kwalifikowanego podpisu elektronicznego lub certyfikatu KSeF.

W przypadku działalności prowadzonej w formie spółki procedura wygląda nieco inaczej. W pierwszej kolejności należy złożyć w urzędzie skarbowym formularz ZAW-FA, wskazując osobę uprawnioną do uwierzytelnienia w KSeF. Dopiero po nadaniu odpowiednich uprawnień tej osobie fizycznej możliwe będzie korzystanie z systemu. 

Po złożeniu ZAW-FA — lub w przypadku jednoosobowej działalności, gdzie nie ma takiego obowiązku — można skorzystać z najczęściej wybieranych i bezpłatnych metod uwierzytelnienia, czyli profilu zaufanego lub certyfikatu KSeF. Podmioty prawne mają dodatkowo możliwość korzystania z pieczęci elektronicznej.

Ekspertka podkreśla: „Bez nadania uprawnień księgowej lub pracownikowi, firma technicznie nie jest w stanie obsługiwać faktur w KSeF.”

Faktury kosztowe 

Od lutego 2026 r. obowiązek przesyłania faktur kosztowych do KSeF stanie się powszechny. Każda faktura będzie automatycznie trafiać do systemu i przypisywana do NIP odbiorcy. Zamiast czekać na dokumenty od dostawców drogą mailową, księgowa będzie mogła pobrać wszystkie faktury bezpośrednio z KSeF, co znacznie przyspieszy proces księgowania i zminimalizuje ryzyko błędów.

Koniec anulowania faktur

Jedną z największych zmian jest brak możliwości anulowania dokumentów: „Faktura, która trafi do KSeF, nie może zostać ani edytowana, ani anulowana.” Oznacza to, że faktura przekazana do KSeF staje się dokumentem nienaruszalnym i nie podlega żadnym modyfikacjom.W przypadku konieczności wprowadzenia zmian jedyną dopuszczalną formą jest wystawienie faktury korygującej, która — podobnie jak faktura pierwotna — musi zostać przesłana do KSeF.

Specjalistka podkreśla, że aby w ogóle wystawić fakturę w systemie, niezbędne jest połączenie programu do fakturowania z KSeF. Można to zrealizować na dwa sposoby: przy użyciu Tokenu (ważnego do 31.12.2026 r.) lub Certyfikatu KSeF, który będzie obowiązywał od 1.02.2026 r.

Daty na fakturach – co się zmienia?

W elektronicznym fakturowaniu pojęcie „data wystawienia” zyskuje nowe znaczenie. W tradycyjnych systemach liczyła się chwila wygenerowania dokumentu.

W KSeF decydująca jest natomiast data przesłania faktury do systemu, czyli moment, gdy plik XML trafia do administracji skarbowej. Dopiero wtedy faktura uznawana jest za oficjalnie wystawioną. To istotna zmiana, która bezpośrednio wpływa na obowiązki podatkowe przedsiębiorców.

Co z pacjentami, osobami prywatnymi?

Ekspertka podkreśla, że „Faktury dla pacjentów prywatnych nie muszą być wystawiane w KSeF.”

Faktura dla osoby fizycznej w KSeF jest dobrowolna. Oznacza to, że można ją wystawić, ale nie ma takiej konieczności. Dotyczy to faktur B2C (business to consumer) tworzonych zarówno przed 1 lutego 2026 roku (obowiązkowy KSeF), jak i po tej dacie. Podstawą zwolnienia jest art. 106ga ust. 2 ustawy o VAT.

Kontrole podatkowe w erze KSeF

Specjalistka wskazuje: „Kontrole nie będą już wybierane losowo – uruchomią je algorytmy analizujące dane.”

Dzięki KSeF weryfikacja faktur może odbywać się automatycznie w tle. Dane spływają na bieżąco do systemów analitycznych KAS, które mają dostęp nie tylko do sum i stawek, ale także do pełnej treści faktury – opisów pozycji, nazw towarów i usług czy ilości. Ustrukturyzowany format e-faktur umożliwia szybkie i dokładne analizy dokumentów, a integracja z innymi bazami (JPK, ZUS, STIR, biała lista podatników) pozwala organom zyskać pełny obraz działalności firmy.

W praktyce system może od razu sprawdzić zgodność deklarowanych przychodów i kosztów z rzeczywistymi transakcjami, weryfikować powiązania faktur z płatnościami i wychwytywać anomalie, np. nadmierne zakupy w stosunku do sprzedaży. Dla uczciwych przedsiębiorstw oznacza to szybsze i mniej uciążliwe kontrole — wiele czynności wykonywanych jest automatycznie, a gdy wszystko się zgadza, kontrola może przebiec „w tle” bez konieczności dodatkowych wyjaśnień.

Kary – od 2027 roku

Do 31 grudnia 2026 roku nie będą nakładane kary ani sankcje za nieprzestrzeganie przepisów dotyczących KSeF.

Ekspertka podkreśla, od stycznia 2027 roku kary będą wyglądały następująco: za niewystawienie faktury, wystawienie jej w sposób wadliwy, nieprzechowywanie dokumentu lub dokonanie sprzedaży z pominięciem kasy fiskalnej, jeśli był taki obowiązek, grozić będzie kara grzywny do 180 stawek dziennych. 

Za wystawienie faktury nierzetelnie lub posługiwanie się takim dokumentem kara może sięgać do 720 stawek dziennych, a w skrajnych przypadkach przewidziana jest również kara pozbawienia wolności na czas nie krótszy niż rok lub obie te sankcje łącznie. 

Trzeba pamiętać, że wysokość stawki dziennej nie jest stała – ustala ją sąd, uwzględniając dochody sprawcy, jego sytuację osobistą i rodzinną, stosunki majątkowe oraz możliwości zarobkowe.

KSeF w Proassist 

Dla użytkowników systemu Proassist wdrożenie KSeF zostało zaprojektowane tak, aby było jak najmniej odczuwalne w codziennej pracy. Faktury nadal będzie można wystawiać w znany i wygodny sposób, bez konieczności zmiany dotychczasowych procesów. System umożliwi ich bezpośrednią wysyłkę do KSeF, a dodatkowo pozwoli na hurtowe przesyłanie dokumentów — szybko i wygodnie, jednym kliknięciem.

Jak podsumowano: „Chodzi o to, żeby KSeF nie był rewolucją dla użytkownika, tylko kolejnym etapem automatyzacji.”

Podsumowanie

KSeF wprowadza zupełnie nowy sposób wystawiania, przesyłania i przechowywania faktur, a obowiązek jego stosowania wkrótce obejmie niemal wszystkich przedsiębiorców. Warto więc jak najszybciej przygotować się do zmian — sprawdzić dostępne metody uwierzytelnienia, wygenerować niezbędne certyfikaty, nadać uprawnienia odpowiednim osobom oraz upewnić się, że Twoje oprogramowanie jest gotowe do integracji z KSeF.

Dla placówek medycznych kluczowe jest narzędzie, które pozwoli sprawnie prowadzić pracę, a jednocześnie zapewni bezpieczeństwo danych pacjentów. Proassist to system stworzony z myślą o branży medycznej — umożliwia zarządzanie harmonogramem wizyt, dokumentacją, e-rejestracją oraz zapewnia pełną zgodność z RODO. Dodatkowo w systemie masz możliwość dodania księgowej, co daje jej uporządkowany, stały dostęp do faktur i danych finansowych. Dzięki temu zyskujesz większą przejrzystość, oszczędzasz czas i minimalizujesz ryzyko błędów.